Les tests PCR ne sont pas sujets aux faux positifs, malgré ce que les gens disent sur Facebook, selon les experts

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Les experts en maladies infectieuses repoussent à nouveau les biologistes moléculaires « en fauteuil » qui continuent de faire de fausses déclarations sur les tests PCR – la principale méthode de diagnostic du COVID-19.

Ces affirmations circulent sur les réseaux sociaux depuis le début de la pandémie et ont été démystifiés à plusieurs reprises, mais néanmoins ils persistent dans une variété de forums.

L’une des fausses affirmations les plus courantes est que les tests PCR sont sujets à un grand nombre de faux positifs, et cela est souvent enraciné dans une mauvaise compréhension de la façon dont les tests fonctionnent, explique Jonathan Jarry, un scientifique en biologie à l’Université McGill. Bureau pour la science et la société à Montreal.

La biologie moléculaire est compliquée, et Jarry a déclaré qu’il est facile pour les gens de saisir une bribe d’information qui, en soi, est vraie, mais de sauter ensuite à des conclusions beaucoup plus larges qui ne sont pas exactes.

« Nous y sommes tous sensibles », a-t-il déclaré.

« Je n’accuse pas les autres d’être stupides, stupides ou ignorants. Ce sont des préjugés auxquels nous devons tous faire face… Cela fait simplement partie de l’être humain. »

Les experts disent que les tests PCR sont systématiquement décrits comme « l’étalon-or » pour une raison. Le National Human Genome Research Institute aux États-Unis décrit la technologie comme « l’une des avancées scientifiques les plus importantes en biologie moléculaire. « 

Les principaux avantages, en particulier lors d’une pandémie, sont que les tests sont très précis, sensibles et rapides.

PCR vs cultures de laboratoire « à l’ancienne »

La PCR, qui signifie « réaction en chaîne par polymérase », est une méthode de copie répétée d’un segment de matériel génétique.

Il est utilisé pour amplifier rapidement de minuscules quantités de fragments d’ADN afin qu’ils puissent être étudiés plus en détail.

Les laboratoires modernes utilisent cette méthode pour tester toutes sortes d’agents pathogènes différents, y compris les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.

Un employé d’un laboratoire microbiologique à Berlin affiche une souche de bactérie dans une boîte de Pétri contenant de la gelée d’agar pour la culture bactérienne dans cette photo d’archive de 2009. ((Fabrizio Bensch/Reuters))

Dans le passé, les scientifiques devaient s’appuyer davantage sur des méthodes « fondées sur la culture », qui impliquaient la culture d’agents pathogènes vivants dans un environnement contrôlé, a déclaré Graham Tipples, directeur médico-scientifique du Public Health Lab de l’Alberta Precision Laboratories.

Tipples a déclaré que l’approche « à l’ancienne » est « très laborieuse » – et lente.

« Cela prend un jour à quelques jours pour le faire », a-t-il déclaré. « Et cela peut être non spécifique, ce qui signifie que vous n’êtes pas absolument sûr que ce soit cela [particular] virus que vous avez détecté, car certains d’entre eux peuvent se ressembler. »

Les tests PCR, en revanche, recherchent un marqueur génétique unique à un agent pathogène particulier, donnant aux scientifiques plus de certitude dans les résultats.

« Le test PCR que nous utilisons s’est avéré hautement spécifique pour le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19 », a déclaré le Dr Deena Hinshaw, médecin hygiéniste en chef de l’Alberta, qui a récemment consacré une conférence de presse à lutter contre les « mythes » entourant les tests.

« Il ne réagit pas aux autres virus, même aux autres coronavirus », a-t-elle déclaré.

La Dre Deena Hinshaw, médecin hygiéniste en chef de l’Alberta, fait le point sur COVID-19 le 11 mai. Elle dit que les tests PCR permettent aux laboratoires de détecter le virus chez les personnes qui sont «au tout début de leur maladie» parce qu’elles sont si sensible. (Chris Schwarz/Gouvernement de l’Alberta)

L’autre avantage des tests PCR est la rapidité avec laquelle ils peuvent être effectués.

«Vous pouvez configurer ce type de tests pour un débit très élevé sur un système robotique», a déclaré Tipples, dont le laboratoire a effectué des millions de tests au cours de l’année écoulée.

Les tests PCR sont également « extrêmement sensibles », a-t-il déclaré, ce qui signifie que « vous pouvez détecter de très petites quantités » d’un agent pathogène dans un échantillon donné.

Cela est particulièrement utile avec COVID-19, a déclaré Hinshaw, car cela permet aux laboratoires de détecter le virus chez les personnes qui sont « au tout début de leur maladie » et qui n’ont pas encore de grandes quantités de virus présentes dans leur corps.

Cela signifie également que les tests PCR détecteront toujours de petites quantités de virus à la fin de la maladie d’une personne, lorsque son corps a principalement combattu le virus.

Même de petites quantités de virus mort peuvent être détectées – et ce fait, selon les experts, a été déformé en de fausses affirmations selon lesquelles les tests sont défectueux.

Timothy Caulfield, titulaire d’une chaire de recherche du Canada en droit et politique de la santé à l’Université de l’Alberta à Edmonton, affirme que certaines personnes déforment délibérément le fonctionnement des tests PCR, ce qui «  s’intègre si bien  » dans une théorie du complot plus large sur la pandémie. (Craig Ryan/CBC)

Le problème est aggravé par le fait que certaines personnes déforment délibérément le fonctionnement des tests PCR, explique Timothy Caulfield, titulaire d’une chaire de recherche du Canada en droit et politique de la santé à l’Université de l’Alberta à Edmonton.

« Je pense que l’une des raisons pour lesquelles il ne meurt pas est qu’il s’intègre si bien dans la théorie du complot plus large selon laquelle toute la pandémie est un canular et que les dommages ont été exagérés », a-t-il déclaré.

« Ce qui, bien sûr, n’est pas vrai. »

Seuils de cycle et contexte

Un terme souvent entendu dans les cercles des médias sociaux où ces mythes se perpétuent est le « seuil de cycle » (CT), qui fait référence au nombre de cycles de copie nécessaires pour que le matériel génétique d’un virus soit détecté par un test PCR.

« L’affirmation la plus courante que je vois est que les valeurs CT sont trop élevées, donc le test n’est pas fiable », a déclaré Caulfield.

Une valeur CT élevée correspond en effet à une faible quantité de virus, mais cela en dit plus sur l’échantillon que sur le patient. La qualité d’un échantillon peut varier en fonction de la méthode d’échantillonnage (par exemple, un prélèvement nasal par rapport à un prélèvement de gorge), la technique du travailleur de la santé qui prélève l’échantillon, l’âge de l’échantillon et d’autres facteurs.

Paul Dieu et Kara Gill, avec l’équipe de diagnostic spécialisée d’Alberta Precision Laboratories, analysent les données de séquençage pour déterminer la lignée du virus SARS-CoV-2 dans cette photo d’archive. (Laboratoires de précision de l’Alberta)

L’objectif principal d’un test PCR positif, dans le contexte de COVID-19, est de déterminer si le virus est présent, et non dans quelle mesure il était présent dans un échantillon particulier.

« En fait, différents échantillons de la même personne peuvent entraîner des valeurs CT différentes », Santé publique Ontario explique.

« Si le morceau d’ADN ne peut pas être copié, il n’y a pas de virus dans l’échantillon, ou il y en a une quantité si faible que même ce test très sensible ne peut pas le détecter. »

Un test positif à une valeur CT élevée indique simplement qu’il y avait une petite quantité de virus dans un échantillon donné. Cela pourrait être dû au fait que le patient a une faible charge virale, ce qui pourrait signifier qu’il est au début ou à la fin de sa maladie. Ou il se peut que l’échantillon lui-même n’ait pas détecté beaucoup de virus.

« Tout test doit être utilisé dans le bon contexte clinique et épidémiologique », a déclaré Tipples d’Alberta Precision Laboratories.

« Mais vous ne pouvez pas simplement ignorer le fait que vous avez un test positif et le signaler comme négatif. Cela n’a absolument aucun sens. »

Graham Tipples, directeur médico-scientifique du Public Health Lab de l’Alberta Precision Laboratories, affirme que l’approche «à l’ancienne» des tests est «très laborieuse» et beaucoup plus lente que les tests PCR. Son laboratoire a effectué des millions de tests au cours de la dernière année. (Chaîne AHS/YouTube)

Les faux négatifs sont plus préoccupants

Si quoi que ce soit, les experts ont été plus préoccupés par le risque de faux négatifs des tests PCR pour COVID-19, qui dépendent fortement du moment où un écouvillon est prélevé par rapport à la période d’infection.

Une étude l’année dernière ont constaté que les tests ne détectent pratiquement jamais le virus au jour 1 de l’infection et ont tendance à être à leur meilleur le jour 8, mais même alors, il peut y avoir des taux de faux positifs allant jusqu’à 20 %. Après le jour 8, l’étude a révélé que le taux de faux négatifs augmentait.

Les épidémiologistes en tiennent compte dans leur prise de décision. C’est pourquoi vous entendez parler de cas « probables » de COVID-19, qui sont souvent étiquetés comme tels lorsqu’une personne ayant une exposition connue présente des symptômes mais aucun test positif.

À l’inverse, les responsables de la santé publique tiennent également compte du risque que les tests PCR détectent un virus mort chez un patient qui s’est rétabli et n’est plus infectieux.

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« C’est exactement pourquoi nous n’exigeons pas de test négatif avant de mettre fin à l’isolement », a déclaré Hinshaw. « Et pourquoi nous nous concentrons sur les tests au début des symptômes et tôt après les expositions, afin de minimiser l’impact que cette excrétion prolongée pourrait avoir. »

Tout cela pour dire que les maladies infectieuses sont compliquées et que les tests PCR font partie du tableau plus large du COVID-19.

Les experts dans le domaine passent leur carrière à apprendre les subtilités de tout cela, alors Jarry, de l’Université McGill, a déclaré qu’il peut être frustrant lorsque des scientifiques « infirmiers » reprennent une bribe d’information et la transforment en conclusions erronées.

« Il doit y avoir un certain niveau d’humilité intellectuelle », a-t-il déclaré, « pour s’engager dans ces idées ».

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